Il vit dans les marécages, les étangs, les rivières, les ruisseaux, les lacs ou les canaux de drainage agricole. Il arrive même qu'il s'aventure dans nos bassins d'eau du jardin dans la cour de nos maisons. Il peut y causer des dommages et même manger les poissons qui s'y trouvent. C’est un excellent nageur et est capable de passer jusqu’à 20 minutes sous l’eau. En été, le rat musqué habite un terrier constitué de plusieurs galeries qui mènent à une chambre. En hiver, il vit dans une hutte conique constituée de débris végétaux et de boue qu'il s'est construit à l'automne.

En été, le rat musqué mange des feuilles, des tiges et des parties de plantes aquatiques. En hiver, il mange la partie submergée de ces plantes. Quelques fois, il peut manger des mollusques, des grenouilles, des tortues et des salamandres. Il s'alimente surtout au crépuscule ou la nuit et demeure actif toute l’année.